拥有大亚湾海洋生物综合实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、海南热带海洋生物实验站（国家野外试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站）、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站、西沙深海海洋环境观测研究站和南沙深海海洋环境观测研究站，中国科学院中国-斯里兰卡联合科教中心，中国科学院中国-巴基斯坦地球科学中心海洋分中心（筹建中）